この質問はレントゲン写真を見たり、歯肉の状態を良く診ないとお答えするのが難しいのですが、私の考えられる範囲でお答えしますので参考にしてください。
歯肉が腫れる原因としては歯周病、歯のひび割れ、そして不良な歯内処置(根の治療）が考えられます。二ヶ所の歯科医院で歯内処置を行ったようですが、質問からするとうまく出来なかったようですし、また時々腫れるとういうことですので、もう一度、ほかの歯科医院で再度治療いていただいたらいかがでしょうか。　

大臼歯(六番、七番目）の歯内処置は非常に難しく、たいへん時間のかかる治療(たぶん、延べで最低でも一、二時間は必要と思います。
他の歯科医が治療した後なので更に困難です）ですので、十分診療時間をかけていただける歯科医院をさがして治療していただいて下さい。